Die Evangelisch-Lutherische Stadtkirchgemeinde Gotha erlebte im Jahr 2000 zwei Höhepunkte in der Geschichte der Kirchenmusik. Im Herbst feierte der Margarethenkirchenchor sein 100-jähriges Bestehen (Näheres siehe Abschnitt Margarethenkirchenchor) und im Dezember der Bachchor Gotha sein 50-jähriges Bestehen.
Dieser Chor wurde jedoch vor 50 Jahren nicht neu gegründet, sondern blickt auf eine lange musikalische Tradition zurück. Sein Ursprung liegt in der Liedertafel Gothas und dem Musikverein. Beide Chöre schlossen sich 1934 zur Konzertgemeinschaft zusammen. Die Sängerinnen und Sänger fanden sich nach dem Krieg im Volkschor und im Hartungschen Kammerchor wieder zusammen.
Seit 1947 unterstand der Kammerchor nicht mehr der Stadt Gotha, sondern fand seine Heimat unter dem Dach der Evangelisch-Lutherischen Stadtkirchgemeinde. Er trat jetzt als Oratorienchor auf. Die Leitung übernahm Max Schweichert.
Für seine Leistungen, das Erbe von Johann Sebastian Bach einer großen Zuhörerschaft nahe zu bringen, wurde dem Oratorienchor, nun unter der Leitung von Walter Zenke, im Dezember 1950 durch den Landesbischof Mitzenheim der Name "Bachchor Gotha" verliehen. 1953 ging die Chorleitung an Konrad Bräutigam über.
Bis 1955 fanden die Konzerte in der Augustinerkirche statt, weil die Margarethenkirche im Krieg stark zerstört worden war und deshalb nicht benutzt werden konnte. Nach der Wiederinstandsetzung fanden die Aufführungen meistens in der Margarethenkirche statt. 1984 übernahm KMD Uthmar Scheidig die Leitung des Bachchors. Der Chor führt regelmäßig das Weihnachtsoratorium sowie Kantaten und Passionen von J.S. Bach auf. Zum Repertoire gehören aber ebenso Werke von Händel ("Der Messias"), Messen von Mozart und Haydn sowie dessen Oratorien "Die Schöpfung" und "Die Jahreszeiten".
Weitere aufgeführte Werke sind:
"Requiem" von Mozart und Fauré
"Oratorio de Noël" von Saint-Saëns
"Lobgesang", "Elias" und "Paulus" von Mendelssohn-Bartholdy
"Deutsches Requiem" von Brahms
"Messen in e-Moll und f-Moll" und "Te Deum" von Bruckner
"Des Heilands letzte Stunden" von Spohr
"Das Lied von der Glocke" von Romberg
"Himmel über Syrien" von Albrecht
"Ein Überlebender aus Warschau" von Schönberg
2009 erarbeitete der Chor in Kooperation mit dem Vocalkreis der katholischen Gemeinde das Rockoratorium "Emmaus" des katholischen Kirchenmusikers Thomas Gabriel nach dem Text des evangelischen Theologen Eugen Eckert. Nach 3 erfolgreichen Konzerten in Gotha, Jena und Nordhausen, war das "Emmaus-Konzert" auf dem 2. Ökumenischen Kirchentag in München am Himmelfahrtstag 2010 vor mehr als 1000 Besuchern einer der Höhepunkte in der Geschichte des Chores.
Von Anfang an gab es eine gute und intensive Zusammenarbeit mit der Thüringen Philharmonie Gotha (bis 1998 Landessinfonieorchester, bis 2008 Thüringen-Philharmonie Gotha-Suhl). Bis 1990 erfolgte die Zusammenarbeit inoffiziell, jetzt wird sie aber in die Dienstpläne eingearbeitet.
Bei großen Chorwerken erfährt der Bachchor die Unterstützung durch andere Chöre, so z. B. durch den Konzertchor Gotha, die Bachchöre Mühlhausen und Arnstadt, die Kantoreien Bad Frankenhausen und Nürtingen und den Winfridia-Chor Fulda.
1984 gründete Uthmar Scheidig den "Singkreis St. Margarethen", dessen hauptsächliche Aufgabe die Gestaltung der Gottesdienste in der Margarethenkirche ist. Im Rahmen der Thüringer Bachwochen 2000 führte er die Johannes-Passion von Leonhard Lechner auf. Im Jahr 2015 wurde aus der Augustinerkantorei und dem Singkreis die gemeinsame "Gothaer Kantorei".
Der Bachchor wird seit September 2007 von Jens Goldhardt geleitet, der im Frühjahr 2007 auf die A-Kirchenmusikerstelle in Gotha gewählt wurde. In sein Aufgabengebiet gehört nunmehr auch der neu gegründete Evangelische Kinderchor "Lebensgeister", der in Kooperation zwischen Evangelischer Grundschule und Stadtkirchengemeinde für alle Kinder zwischen 1. und 6. Klasse offen ist. Derzeit singen rund 60 Kinder in diesem Chor. Beim Weihnachtsoratorium am 23.12.2007 in der Margarethenkirche hatten die Mädchen und Jungen ihren ersten gemeinsamen Auftritt mit dem Bachchor und der Thüringen Philharmonie. Inzwischen erarbeitete der Chor u.a. zwei Kindermusicals sowie verschiedene Programme für Familien- oder Schulgottesdienste. Die Mitwirkung an J.S. Bachs Matthäus-Passion am Karfreitag 2010 sowie die Gestaltung des ökumenischen Gottesdienstes zum Thüringentag 2011 mit einer Messe für Kinderchor und Instrumente oder die "Mass of the children" von John Rutter im September 2016 waren weitere große Herausforderungen für den Kinderchor.