Was heute in unserer Gemeinde lebendig ist, geht zurück auf die Bauarbeiten der letzten Generationen.

Einer Urkunde aus dem Jahr 1365 können wir entnehmen, dass es hier in Siebleben eine erste Kirche gab - sie stand beim Laufbrunnen und hieß Marienkirche. Dort wirkte Johann Eusebius Schmidt (geb. 1670 in Hohenfelden bei Weimar) bis zu seinem Lebensende 1745. Für seinen Dienst in der Gemeinde hatte er als Leitbild das "himmlische Zion" (Offenbarung 2.3). Dazu hat er folgendes Gesangbuchlied gedichtet:

Pfarrer Wohlfahrt (Pfarrer in Siebleben von 1969-1982) schreibt 1989 dazu: "Dieses Gebet reicht über die Generationen hin bis in unseren Tag: Wir warten auf einen kraftvollen Aufbruch und Durchbruch hin zu einer "Gemeinde der Bruderliebe". Die begonnenen Hauskreise sind Ackerfeld und Übungsfeld, den jeweils ausgestreuten Samen des Wortes Gottes zu hüten..."  
 
Am 11. Juni 1809 verbrannte die Kirche zusammen mit 24 Wohnhäusern und den dazugehörenden Ställen und Scheunen. "Anna selbdritt", die vorreformatorische Marienstatue, wurde bei diesem Großbrand nicht vernichtet.

Herzog August von Gotha-Altenburg war an einem Neubau interessiert. Er lieferte sämtliches Bauholz aus dem Georgenthaler Wald. Wegen mangelnden Opfersinnes der Siebleber kam zunächst kein Neubau zustande. Das Holz verfaulte.

10 Jahre später sorgte der Schlosshauptmann Adolf von Wangenheim für den Wiederaufbau der Kirche. Seine Tochter, Fräulein Caroline von Wangenheim, die Besitzerin des Buchwaldschen Freigutes geworden war, schenkte der Gemeinde Siebleben den Bauplatz für die neue Kirche. Sie wurde im klassizistischen Stil erbaut.

Am 16. Dezember 1827 wurde die heutige Kirche in Gegenwart von Herzog Ernst I. von Coburg-Gotha und seiner beiden Prinzen Ernst und Albert eingeweiht. Die Initialen ihrer Namen sind heute noch an der Orgel zu sehen.

Da die Geldmittel der Gemeinde wohl erschöpft waren, erhielt der Turm als Abschluß keine Spitze oder eine Haube, sondern ein hölzernes Kreuz von 13 m Länge, das 6 m aus dem Turmdach herausragt. Ursprünglich war dieses große Kreuz auf dem Dach wohl eine Notlösung. Wir können es uns heute gar nicht mehr anders denken.

So werden wir - auch wenn wir nicht in der Kirche sind - immer wieder an Jesus erinnert.

Während der Zeit der Naziherrschaft waren Pfarrhaus und Kirche "manchen trüben und zwielichtigen Einflüssen ausgesetzt" (Wohlfahrt 1989). Die Gemeinde galt als Sprungbrett zum Wechsel in Stadtgemeinden. Nach Pfarrer Giese übernahm Pfarrer Ehrhardt Voigt die Gemeinde. Von 1967- 82 war Helmut Wohlfahrt Pfarrer der Gemeinde. Damals stand das auffallend große Kreuz im Eingangsbereich. In dieser Zeit wurde es nach vorne geholt. Das war nicht nur ein eine Äußerliche Veränderung. Bis heute zehren wir vom geistlichen Tiefgang unter Wohlfahrts Leitung.
Pfarrvikar Erich Eckardt (1983-2000) hat diese Arbeit weitergeführt und viele Mitarbeiter integriert.
Das Kreuz wechselte noch mal seinen Platz: Es kam dorthin, wo es sich jetzt niemand mehr wegdenken kann: auf die Kanzelempore.

Im Jahr 2000 wurde die Kirche grundlegend saniert. Im selben Jahr wurde das Glashaus, unser Gemeindehaus, als Anbau an die Kirche fertig gestellt.
Von 2000 bis 2015 war Michael Weinmann als Pfarrer in Siebleben. Dann folgte eine zweijährige Vakanzzeit. Im Jahr 2017 folgte ihm Pfarrer Hansjürgen Dehne, der 2022 dann ein anderes Aufgabengebiet übernahm.

Am 04.Dezember 2022 wurde Pfarrer Christian Müller, als neuer Pfarrer an St. Helena, in einem festlichen Gottesdienst, in sein Amt eingeführt.

Seit 2006 finanziert der Förderverein eine Stelle für einen hauptamtlichen Gemeindepädagogen/in.