Wer die Augustinerkirche aufsucht, wird vom Klosterplatz mit seinen uralten Linden und einem kleinen barocken Brunnen empfangen. Bereits 1251 siedelten sich hier Zisterziensernonnen an. Doch sie blieben nicht lange, sondern überließen die Gebäude nach wenigen Jahren Augustinermönchen. Eine Übertragungsurkunde weist das Datum 12. November 1258 aus.
 
Die Bettelmönche errichteten bald neue Gebäude und erlangten im Jahre 1276 für das Kloster die Bestätigung durch Papst Innozenz V.
 Schenkungen, Stiftungen und Käufe ließen Einkünfte und Besitzungen des Ordens anwachsen, wodurch 1366 die Kirche vergrößert werden konnte. Davon bis heute erhalten sind der Kreuzgang, der Kapitelsaal und der jetzt als Sakristei dienende Raum.
Der wohl berühmteste Augustinermönch war Martin Luther. Mehrfach predigte er in unserer Augustinerkirche. Mit seiner Predigt, die er auf dem Weg zum Reichstag nach Worms hielt, mag er die gewachsene Unzufriedenheit der Bürger mit den Klosterleuten verstärkt haben. Sie entlud sich am Pfingstdienstag des Jahres 1524 im so genannten "Pfaffensturm", der die Einführung der Reformation und die Auflösung des Klosters beschleunigte.
 
Erster Gothaer Superintendent war Friedrich Myconius (1490-1546), ein enger Freund und Mitarbeiter Luthers. Er hat große Verdienste an der Umsetzung des reformatorischen Gedankenguts. Im Klostergebäude brachte er die Lateinschule unter, verbesserte das Schulwesen sowie die soziale Lage der kirchlichen Mitarbeiter.
In den folgenden Jahrhunderten dienten die Räume des Klosters verschiedenen Schulen als Unterkunft, so dass die Gebäude oft umgebaut wurden. Heute beherbergen sie unter anderem die Verwaltung der Stadtkirchgemeinde, eine historische Bibliothek, die Geschäftsstelle des Diakoniewerkes Gotha mit Sozialstation und Kreisdiakoniestelle sowie das Kinder- und Jugendzentrum der Stadtkirchgemeinde.

Die Kirche erhielt ihre im Wesentlichen auch heute noch bestehende Form Ende des siebzehnten Jahrhunderts. Damals wurden Einbauten, Winkel und Bögen beseitigt und eine barocke Fürstenloge sowie die Kanzel geschaffen. Nachdem in den dreißiger Jahren des 20. Jahrhunderts der Chorraum abgetrennt wurde, dominiert heute beim Blick zum Altar ein großes Holzkruzifix. Rechts neben dem Altar steht das Epitaph von Myconius' Grab. Wendet man seinen Blick zur Westempore, überrascht der Orgelprospekt aus dem Jahr 1692, das wohl prächtigste Kunstwerk der Kirche. Die Orgel selbst stammt aus dem Jahr 1993, hat 50 Register und ca. 3.500 Pfeifen, die über vier Manuale bespielt werden.
Ist in der Hallenkirche alles entfernt, was an die Mönche erinnern könnte, so ist der Kreuzgang erhalten geblieben, Ort der Einkehr und Besinnung seit alters her. An seiner Ostseite schließt sich der frühere Kapitelsaal an. Er wird aufgrund seiner hervorragenden Akustik zu regelmäßigen Sommerkonzerten genutzt. Hier befindet sich eine schlichte Gedenkstätte für die Opfer von Krieg und Gewalt, hier begannen auch die Friedensgebete, die 1989 in die so genannte "Wende" mündeten.