Jens Goldhardt wurde 1968 im Thüringischen Weida geboren, wo er auch ersten Klavier- und Orgelunterricht erhielt. Von 1985 bis 1992 studierte er Kirchenmusik in Eisenach und Halle.
Noch während des Studiums gewann er 1990 den 1. Preis beim Internationalen Orgelwettbewerb der Max-Reger-Tage in Hamm.

Nachdem er im März 1992 sein A-Kirchenmusikstudium abgeschlossen hatte, trat er die Stelle des Kirchenmusikers an der Trinitatiskirche in Sondershausen an, die er bis 2007 innehatte. In diese Zeit fiel u.a. der Neubau der großen Hey-Orgel in der Sondershäuser Stadtkirche, der von ihm mit begleitet wurde.

Seit 1. September 2007 ist Jens Goldhardt als Kirchenmusiker in Gotha tätig, wo er die große Tradition der Gothaer Kirchenmusik mit kleinen und großen Sängern sowie im Bereich der Orgelmusik weiter führt.

Darüber hinaus übt er eine rege Konzerttätigkeit als Solist und in verschiedenen Ensemblebesetzungen aus, u.a. seit 10 Jahren in der Kombination Saxophon & Orgel, gemeinsam mit dem Saxophonisten Ralf Benschu. Beide sind außerdem mit einem gemeinsamen Programm mit dem bekannten Liedermacher Gerhard Schöne unterwegs, das am 24. Januar 2010 seine Premiere in der vollbesetzten Gothaer Margarethenkirche erlebte.

Er wirkte an verschiedenen CD-Produktionen sowie Funk- und Fernsehaufnahmen mit.
Seit 2010 ist er für die Evangelische Kirche in Mitteldeutschland als Propsteikantor des Propstsprengels Eisenach-Erfurt tätig.